控除の方法としては二つあり、いずれかを選択できます。
税額控除による方法
「その年に支出した公益財団法人等への寄附金の合計額-2千円」の40％相当額を、その年の所得税額から控除することができます。 対象となる寄附金額は、総所得金額等の40％が限度です。ただし所得税額の25％が控除限度額となります。
所得控除による方法
「その年に支出した特定寄附金の合計額-2千円」が寄附者の年間所得から控除されます。 控除できる特定寄附金は、その年の総所得金額等の40％相当額が限度です。
計算例（５万円寄付）
税額控除方式
課税対象額に税率を掛けて算出した税額から差し引くことができるもの。税額から直接控除されますので、所得金額にかかわらず控除を受けられます。
（50,000円－2,000円）×40％＝19,200円
所得控除方式
所得金額から差し引くことができるもの。所得控除額が大きいほど課税対象額が少なくなり、その結果、税額も少なくなります。一般的に所得が大きいほど有利です。控除税額の上限は所得税額の25％です。
（50,000円－2,000円）×10％＝4,800円
所得500万円の場合
年収500万円の世帯における、実際の減税額モデル計算
あなたが公益社団法人・公益財団法人・認定（仮認定）ＮＰＯ法人などへ寄付をする場合、税金がいくら戻ってくるか計算してみましょう。
税額控除
（寄付金額－2,000円）×40％
1万円の寄付
5万円の寄付
10万円の寄付
3,200円
19,200円
39,200円
所得控除
（寄付金額－2,000円）×10％
1万円の寄付
5万円の寄付
10万円の寄付
800円
4,800円
9,800円
個人住民税の税額控除について
公益性のある団体として自治体がパブリックリソース財団を認定している場合は、寄附が住民税控除の対象になる場合があります。「所得税の寄附金控除の対象となる寄附金のうち、都道府県又は市町村が条例により指定したもの」が、個人住民税の減額措置（税額控除＝税額が軽減される）の対象となります。
※ 全国一律ではありませんのでご注意ください。
※ 控除の対象になるかどうかについては、お住まいの都道府県・市区町村に確認してください。
特例措置を受けるための手続き
所轄税務署へ確定申告を行ってください（年末調整等では控除できません）。
※ 確定申告の時期：毎年2月16日～3月15日
確定申告書提出の際に、当財団の発行した領収書を添付してください。